（一）辦公室。主要職責是：負責文電、會務、政務督辦、機要、檔案等機關日常運轉工作。承擔安全保衛、政務信息、保密、信訪、政務公開工作。承擔機關接待、修志、年鑒、資產管理和局門戶網站平臺運行管理工作。負責議案、提案、宣傳報道、辦公自動化、政府采購工作。統籌協調全局系統區級綜合調研工作。負責編制運轉性資金預算并組織實施。負責組織編制水務年度部門預算工作。負責區本級水務工程建設計劃資金管理、竣工財務決算工作。負責局機關和指導局下屬事業單位財務、資產管理的運行、監督工作。組織實施水務工程績效評價。負責水務資金、項目的內部審計監督及下屬事業單位領導干部離任審計工作。承擔公費醫療服務工作。承擔行政應訴、行政賠償及普法宣傳、法律顧問等相關工作。

　　（二）綜合計劃科。主要職責是：擬訂水務發展總體規劃、中長期規劃以及水利、供水、排水等專項規劃。組織編制年度水務建設投資計劃，承擔水務統計工作。組織實施水務行業政策法規并監督實施，組織指導區水務建設項目合規性審查。負責水務科技、水務信息化建設工作。指導水利學會工作。負責水務工程建設的行業管理。制定水務工程建設管理制度并組織實施。負責水務建設市場的監督管理和信用體系建設。負責水務工程建設項目標后管理工作。指導水務工程質量、安全監督管理和評價工作。牽頭全區水務行業安全生產工作。擬訂水務行業安全生產制度并監督實施。牽頭水務行業安全處置工作。牽頭安全生產考核評價工作。統籌協調全局系統市級綜合調研工作。牽頭組織海綿城市水務工作。

　　（三）水利管理科（水土保持科）。主要職責是：負責水利及水土保持工作的行業管理。負責組織編制水庫運行調度規程和大壩安全管理應急預案，落實安全責任制度。監督河道采砂管理工作。指導督查水庫、堤防、水閘、泵站等水利設施的運行管理工作。指導河湖和水利工程的劃界工作。負責水域及其岸線的管理和保護工作。指導江河湖泊、河口灘涂的開發、治理和保護工作。負責水利工程管理體制改革工作。組織實施鄉村振興戰略水利保障工作。參與農業水價綜合改革工作。指導督查水土流失綜合防治工作；負責落實水土保持規劃相關要求，組織水土流失監測；按照權限監督實施生產建設項目水土保持方案。負責堤防維護費、灘涂資源使用費、河道采砂管理費、河道管理范圍占用費、水土保持補償費的征收管理工作。指導、監督水庫移民安置、政策扶持工作。組織實施年度水利建設投資計劃。負責年度水利工程建設項目建議書、可行性研究報告的技術審查；組織水利工程建設項目初步設計、概算等的審批、審查，組織指導水利開工手續辦理工作；監督水利工程質量、安全管理工作；指導、監督水利工程建設項目結算和驗收工作。指導督查水利設施運行的安全生產工作。組織水利突發安全事件應急處置行動工作。

　　（四）排水管理科。主要職責是：負責排水行業管理。組織實施排水行業特許經營管理制度。承擔城鄉排水管理工作。組織監督排水和污水處理及設施運行。指導生活污水處理廠再生水利用。負責城鄉排水設施運營情況的考核工作。指導城鄉生活污水處理廠污泥處理處置工作。負責污水處理費的征收管理工作。參與污水處理費的調價工作。組織實施年度排水建設投資計劃。負責年度排水工程建設項目建議書、可行性研究報告的技術審查；組織排水工程建設項目初步設計、概算等的審批、審查，組織指導排水開工手續辦理工作；監督排水工程質量、安全管理工作；指導、監督排水工程建設項目結算和驗收工作。指導督查排水設施運行的安全生產工作。組織排水突發安全事件應急處置行動工作。牽頭局系統黑臭水體治理組織實施工作。

　　（五）水資源管理科（區節約用水辦公室）。主要職責是：負責水資源和供水行業管理。組織實施取水許可、水資源論證等制度，負責實施水資源有償使用工作。負責水量分配工作并監督實施。組織編制水資源保護規劃，負責飲用水水資源保護、河湖水生態保護與修復、河湖生態流量水量管理以及河湖水系連通工作。負責水資源費、超計劃加價水費的征收管理工作。組織落實節約用水政策并監督實施，組織編制節約用水規劃并監督實施。組織指導計劃用水、節約用水工作。組織實施供水行業特許經營管理制度。負責供水企業計劃停水審批。負責供水單位的供水水質、服務質量的監督工作。負責二次供水監督管理工作。負責農村通水、改水工作。參與審核供水行業有關調價工作。組織實施年度供水建設投資計劃。負責年度供水工程建設項目建議書、可行性研究報告的技術審查；組織供水工程建設項目初步設計、概算等的審批、審查；組織指導供水開工手續辦理工作。監督供水工程質量、安全管理工作；指導監督供水工程建設項目結算和驗收工作。指導督查供水設施運行的安全生產工作。組織供水突發安全事件應急處置行動工作。

　　（六）審批管理科。主要職責是：負責審查本部門行政規范性文件。負責行政審批制度改革。組織辦理本部門對外涉水行政審批和備案事項。受上級部門委托組織開展相關行政審批和備案工作的資料審核、現場檢查等工作。負責行政審批信息報送、統計等工作。依照管理權限核準河道采砂管理費、河道管理范圍占用費、水資源費、水土保持補償費等水行政事業性收費，負責審核污水處理費減免工作。

　　（七）監察水政執法科。主要職責是：負責水政監察、綜合執法工作。負責指導監督全區水政監察工作。承擔協調處理水事糾紛；按照管理權限查處違反水務行政法規的行為。處理本行政區域內因水政執法引起的水事信訪案件。依法查處未按規定繳納水行政事業性收費的違法行為。承擔行政復議工作。組織行政處罰聽證工作。

　　（八）人事科。主要職責是：承擔機關和指導下屬單位的黨建、紀檢、監察、組織人事、機構編制、統戰、人事檔案、工會、共青團、婦女、計劃生育、離退休人員管理、勞動保護等工作。負責機關并指導、監督下屬單位職工勞動人事保障和勞動人事爭議調解工作。負責組織專業技術人員繼續教育、培訓和技術職務的評、聘工作。負責局系統工作人員因公出訪、因私出國（境）的審核報批工作。

　　（九）河湖科。主要職責是：負責河長制湖長制的組織實施工作；負責水旱災害應急行動的組織與實施工作；負責水旱災害應急信息收集與報送工作。

　　機關黨委。負責機關和下屬單位的黨群工作。